Pred samotnými deportáciami bolo židovské obyvateľstvo postupne zbavené občianskych práv, vylúčené z hospodárskeho a spoločenského života a podrobené prísnym protižidovským opatreniam. Vo februári 1942 sa začali vyhotovovať súpisy prešovských Židov, ktoré sa stali podkladom pre chystané deportácie. Predchádzalo im umiestnenie Židov do koncentračných stredísk – pre ženy zo Šarišsko-zemplínskej župy v Poprade, pre mužov v Žiline.
V skorých ranných hodinách 21. marca 1942 odišiel z malej železničnej stanice v Prešove transport, v ktorom 302 židovských žien a dievčat vo veku 16 – 45 rokov deportovali do koncentračného strediska v Poprade. Zatýkanie sa začalo už 20. marca a pokračovalo aj na druhý deň. Žandári, gardisti a príslušníci nemeckých oddielov Freiwillige Schutzstaffel sústredili zadržané ženy pri hasičských kasárňach, odkiaľ ich odviedli na malú železničnú stanicu, kde ich naložili do dobytčích vagónov a previezli do Popradu.
O štyri dni neskôr, 25. marca 1942, z Popradu odišiel prvý transport Židov zo Slovenska do koncentračných táborov, kde väčšinu z nich čakala smrť.
Deportácie v roku 1942 takmer úplne zničili prešovskú židovskú komunitu. Niekoľkým stovkám osôb sa podarilo utiecť do Maďarska, mnohí sa ukrývali na rozličných miestach a v meste zostala len nepatrná skupina. Odhaduje sa, že od marca 1942 do mája 1945 zahynulo vyše 6 000 Židov z Prešova a blízkeho okolia, prevažne v koncentračných táboroch v Debline, Treblinke, Majdanku a Auschwitzi.
M. Fatľa, KM PO